Des scientifiques identifient des milliers de variantes génétiques du cancer à haut risque

Plus de 5 000 variantes génétiques permettant à certains cancers de se développer ont été identifiées par les scientifiques, ainsi qu’une cible thérapeutique potentielle pour traiter, voire prévenir, le développement de ces cancers.

Des chercheurs du Wellcome Sanger Institute et leurs collaborateurs de l’Institute of Cancer Research de Londres et de l’Université de Cambridge ont évalué l’impact sur la santé de toutes les modifications génétiques possibles du gène de « protection contre les tumeurs », BAP1. Ils ont découvert qu’environ un cinquième de ces modifications possibles étaient pathogènes, augmentant considérablement le risque de développer des cancers de l’œil, de la paroi pulmonaire, du cerveau, de la peau et du rein.

Les résultats, publiés aujourd’hui (5 juillet) dans Génétique de la naturesont disponibles gratuitement afin qu’ils puissent être immédiatement utilisés par les médecins pour aider à diagnostiquer les patients et choisir les thérapies les plus efficaces pour eux. Il est important de noter que, comme toutes les variantes possibles ont été évaluées, les résultats bénéficient aux individus d’origines ethniques diverses, qui ont historiquement été sous-représentés dans la recherche en génétique.

L’équipe a également découvert un lien entre certaines variantes perturbatrices du gène BAP1 et des niveaux plus élevés d’IGF-1, une hormone et un facteur de croissance. Cette découverte ouvre la voie au développement de nouveaux médicaments qui pourraient inhiber ces effets nocifs, ralentissant ou empêchant potentiellement la progression de certains cancers.

La protéine BAP1 agit comme un puissant suppresseur de tumeur dans l’organisme, protégeant contre les cancers de l’œil, de la paroi pulmonaire, du cerveau, de la peau et du rein. Les variantes héréditaires qui perturbent la protéine peuvent augmenter jusqu’à 50 % le risque de développer ces cancers au cours de leur vie, généralement vers la cinquantaine.

La détection précoce de ces variants par dépistage génétique peut guider les mesures préventives, améliorer considérablement l’efficacité du traitement et améliorer la qualité de vie des personnes concernées. Cependant, jusqu’à présent, on ne savait pas exactement quels changements génétiques spécifiques du gène BAP1 devaient être surveillés, en particulier s’il s’agissait de variants rares qui provoquent un dysfonctionnement du gène et favorisent la croissance du cancer.

Des chercheurs de l’Institut Sanger et leurs collaborateurs de l’Institut de recherche sur le cancer et de l’Université de Cambridge ont testé 18 108 modifications de l’ADN dans le gène BAP1 en modifiant artificiellement le code génétique de cellules humaines cultivées dans une boîte de Pétri, dans un processus connu sous le nom de « modification du génome par saturation ».

Ils ont identifié que 5 665 de ces modifications étaient nocives et perturbaient les effets protecteurs de la protéine. L’analyse des données de la UK Biobank a confirmé que les personnes porteuses de ces variantes nocives du gène BAP1 ont plus de 10 % de chances supplémentaires de se voir diagnostiquer un cancer que la population générale.

L’équipe a également découvert que les personnes porteuses de variants nocifs du gène BAP1 présentaient des niveaux élevés d’IGF-1 dans leur sang, une hormone liée à la fois à la croissance du cancer et au développement du cerveau. Même les personnes sans cancer présentaient ces niveaux élevés, ce qui suggère que l’IGF-1 pourrait être une cible pour de nouveaux traitements visant à ralentir ou à prévenir certains cancers.

Des analyses plus poussées ont révélé que des variantes nocives de BAP1 et des niveaux plus élevés d’IGF-1 étaient liés à de moins bons résultats chez les patients atteints de mélanome uvéal, soulignant le potentiel des inhibiteurs de l’IGF-1 dans le traitement du cancer.

Notamment, la technique profile toutes les variantes possibles de BAP1 provenant de diverses populations, et pas seulement celles qui prévalent dans les dossiers cliniques européens, contribuant ainsi à remédier à la sous-représentation des populations non européennes dans les études génétiques.

Le Dr Andrew Waters, premier auteur de l’étude au Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « Les approches précédentes pour étudier la manière dont les variantes affectent la fonction des gènes ont été réalisées à très petite échelle ou ont exclu des contextes importants qui peuvent contribuer à leur comportement.

« Notre approche fournit une image fidèle du comportement des gènes, ce qui permet des études plus vastes et plus complexes des variations génétiques. Cela ouvre de nouvelles possibilités pour comprendre comment ces changements entraînent des maladies. »

La professeure Clare Turnbull, responsable clinique de l’étude, professeure de génétique translationnelle du cancer à l’Institute of Cancer Research de Londres et consultante en génétique clinique du cancer à la Royal Marsden NHS Foundation, a déclaré : « Cette recherche pourrait permettre une interprétation plus précise des tests génétiques, des diagnostics plus précoces et de meilleurs résultats pour les patients et leurs familles. »

Le Dr David Adams, auteur principal de l’étude au Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « Nous voulons nous assurer que les connaissances génétiques vitales soient accessibles et pertinentes pour tous, quelle que soit leur ascendance. Notre objectif est d’appliquer cette technique à un plus large éventail de gènes, en couvrant potentiellement l’ensemble du génome humain au cours de la prochaine décennie avec l’Atlas des effets des variantes. »