Des études d’association génétique antérieures impliquant des personnes d’ascendance européenne pourraient être inexactes

Les chercheurs ont découvert que des études antérieures analysant le génome de personnes d’ascendance européenne auraient pu donner des résultats inexacts en ne tenant pas pleinement compte de la structure de la population. En considérant des lignées génétiques mixtes, des chercheurs de l’Institut national de recherche sur le génome humain (NHGRI), qui fait partie des National Institutes of Health, ont démontré que les liens précédemment déduits entre une variante génomique qui aide à digérer le lactose et des caractéristiques telles que la taille et le taux de cholestérol d’une personne pourraient ne soit pas valide.

L’étude, publiée dans Communications naturelles, montre que les personnes d’ascendance européenne, qui étaient auparavant traitées comme un groupe génétiquement homogène dans des études génétiques à grande échelle, présentent des preuves claires de lignées génétiques mixtes, connues sous le nom de mélange. En tant que tel, les résultats des précédentes études d’association à l’échelle du génome qui ne tiennent pas compte du mélange dans leurs examens de personnes d’ascendance européenne devraient être réévalués.

“En lisant des articles sur la génétique des populations, nous avons réalisé que le modèle de la constitution génétique en Europe est trop détaillé pour être visualisé à l’échelle continentale”, a déclaré Daniel Shriner, Ph.D., scientifique au Centre de recherche sur la génomique et le développement mondial des NIH. Santé et auteur principal de l’étude. “Ce qui ressort clairement de notre analyse, c’est que lorsque les données provenant d’études d’association génétique de personnes d’ascendance européenne sont évaluées, les chercheurs doivent s’adapter au mélange dans la population pour découvrir de véritables liens entre les variantes et les traits génomiques.”

Pour examiner l’ascendance génétique européenne, les chercheurs ont rassemblé des données dans des études d’association génétique publiées et généré un panel de référence de données génomiques comprenant 19 000 individus d’ascendance européenne répartis dans 79 populations d’Europe et d’Américains d’origine européenne aux États-Unis, capturant une diversité ancestrale non observée dans d’autres. de vastes catalogues de variations génomiques humaines.

À titre d’exemple, les chercheurs ont étudié le gène de la lactase, qui code pour une protéine qui aide à digérer le lactose et qui est très variée à travers l’Europe. À l’aide du nouveau panel de référence, ils ont analysé comment une variante génomique du gène de la lactase est liée à des caractéristiques telles que la taille, l’indice de masse corporelle et le cholestérol des lipoprotéines de basse densité, également connu sous le nom de « mauvais cholestérol ».

Lorsque les chercheurs ont pris en compte le mélange génétique de la population européenne dans leur analyse, ils ont découvert que la variante génomique qui donne aux gens la capacité de digérer le lactose n’est pas liée à la taille ou au niveau de cholestérol des lipoprotéines de basse densité. En revanche, la même variante influence l’indice de masse corporelle.

“Les résultats de cette étude soulignent l’importance de comprendre que la majorité des individus dans les populations du monde entier ont des origines ancestrales mixtes et que la prise en compte de ces origines ancestrales complexes est d’une importance cruciale dans les études génétiques et la pratique de la médecine génomique”, explique Charles Rotimi. , Ph.D., chercheur distingué du NIH, directeur du Centre de recherche sur la génomique et la santé mondiale et auteur principal de l’étude.

Bien que le gène de la lactase soit un exemple de gène qui pourrait être lié de manière incorrecte à certains traits sur la base d’analyses antérieures, les chercheurs affirment qu’il est probable qu’il existe d’autres fausses associations dans la littérature et que de véritables associations restent à trouver. Les informations sur la manière dont les variantes génomiques sont liées à différents traits aident les chercheurs à estimer les scores de risque polygénique et peuvent donner des indices sur la capacité d’une personne à répondre en toute sécurité aux traitements médicamenteux.

Bien que les différences entre les génomes de deux personnes soient inférieures à 1 %, le faible pourcentage de variation génomique peut donner des indices sur l’origine des ancêtres d’une personne et sur les liens qui peuvent exister entre les différentes familles. Les informations sur la descendance biologique d’une personne, appelées ascendance génétique, peuvent fournir des indices importants sur les risques génétiques de maladies courantes.

“Trouver de véritables associations génétiques aidera les chercheurs à être plus efficaces et plus prudents dans la manière dont les recherches ultérieures sont menées”, a déclaré Mateus Gouveia, Ph.D., chercheur au Centre de recherche sur la génomique et la santé mondiale et premier auteur de l’étude. “Nous espérons qu’en tenant compte des ascendances mixtes dans les futures analyses génomiques, nous pourrons améliorer la valeur prédictive des scores de risque polygénique et faciliter la médecine génomique.”

Le panel de référence généré dans cette étude est à la disposition de la communauté scientifique pour être utilisé dans d’autres études, avec des informations supplémentaires fournies dans le document.