Des scientifiques séquencent le génome entier du bilby australien

Sous la pression des renards et des chats prédateurs et en compétition avec les lapins sauvages, le Grand bilby a perdu plus de 80 % de son habitat. Les travaux de conservation dirigés par le professeur Carolyn Hogg visent à sauver le bilby de l’extinction.

Un consortium de scientifiques dirigé par l’Université de Sydney a pour la première fois séquencé l’intégralité du génome du bilby australien. La recherche est publiée dans la revue Écologie et évolution de la nature.

Cette première cartographie du patrimoine génétique du bilby, qui encapsule des informations biologiques sur la façon dont il grandit et évolue, fournit un outil important pour la conservation de l’espèce menacée.

Moins connus que les autres marsupiaux, les bilbies sont souvent appelés le lapin de Pâques australien et ont une signification culturelle continue pour les communautés aborigènes australiennes.

Remarquables pour leurs grandes oreilles et leurs poches orientées vers l’arrière, les bilbies sont des omnivores nocturnes fouisseurs. Ils utilisent leurs puissants membres antérieurs et leurs longues griffes pour trouver de la nourriture et retourner le sol et la matière organique, ce qui en fait les ingénieurs de l’écosystème des déserts australiens.

Il existait autrefois deux espèces de bilby, le petit bilby, qui a disparu dans les années 1960, et le grand bilby, qui n’existe plus que dans 20 % de son ancien habitat, principalement dans les déserts centraux de l’Australie occidentale et du Territoire du Nord.

Les populations de bilbys ont connu un déclin important après l’arrivée des Européens et l’introduction de chats et de renards sauvages, ainsi que de lapins en compétition pour les sources de nourriture. Les populations de bilbys sont souvent gérées dans la nature par des gardes forestiers autochtones, tandis qu’environ 6 000 vivent dans des sanctuaires clôturés, des îles et des zoos.

En utilisant l’ADN d’un bilby de zoo décédé, une équipe dirigée par le professeur Carolyn Hogg de l’Université de Sydney a séquencé le génome du Grand bilby survivant. L’équipe a également créé le premier génome du petit bilby éteint à partir du crâne d’un spécimen collecté en 1898.

“Le génome de référence du Grand Bilby est l’un des génomes marsupiaux de la plus haute qualité à ce jour, présenté en neuf morceaux, représentant chacun des chromosomes du Bilby”, a déclaré le professeur Hogg du groupe Australasian Wildlife Genomics. “Il offre un aperçu de la biologie, de l’évolution et de la gestion des populations.”

Un génome de référence est l’équivalent d’un couvercle de boîte à puzzle ; c’est une façon de savoir ce que signifient toutes les pièces du puzzle ADN.

“Cela nous aide à comprendre ce qui donne aux bilbies leur odorat unique et comment ils survivent dans le désert sans eau potable”, a déclaré le professeur Hogg.

Le génome du Grand Bilby comprend environ 38 000 gènes codant pour des protéines répartis sur neuf chromosomes avec 3,66 milliards de paires de bases. À titre de comparaison, le génome humain compte environ 19 900 gènes protéiques répartis sur 23 chromosomes et 3,2 milliards de paires de bases.

Il est important de noter que le génome est utilisé pour gérer la métapopulation de bilby dans les zoos, les sanctuaires clôturés et les îles.

« En sélectionnant des individus pour la translocation et la libération, nous maximisons leur diversité génétique, améliorant ainsi la capacité de la population à s’adapter à un monde en mutation. »

L’équipe a également utilisé le génome pour développer une méthode de test des excréments plus précise afin de compléter les pratiques traditionnelles d’utilisation des terres existantes par les rangers autochtones.

« Nous en savons beaucoup sur les bilbies : où ils vivent, ce qu’ils mangent et comment les suivre », a déclaré Scott West, garde forestier de la zone protégée indigène de Kiwirrkurra en Australie occidentale.

« Il est bon d’utiliser des iPads pour cartographier les oiseaux et des caméras pour les surveiller. Les analyses d’ADN permettent également de vérifier si les bilbies sont apparentés, d’où ils viennent et jusqu’où ils ont voyagé. L’utilisation conjointe d’anciennes et de nouvelles méthodes nous aide à obtenir de bonnes informations sur les bilbies et sur la façon de les soigner. C’est ce qu’est la science à double sens. »

“Tout prend quatre fois plus de temps et est quatre fois plus difficile lorsqu’on ne dispose pas d’un génome de référence”, a déclaré le professeur Hogg. “Nous avons accéléré la science pour assurer la survie continue des bilbies.”