Un ensemble de données complet et inédit sur les virus du sol représente une diversité virale et un potentiel biogéochimique inexploités
Collecte de données et flux de travail. a, La distribution globale des échantillons, mise à l’échelle par paires de bases assemblées. b, Dans l’ordre horizontal, histogrammes de la densité apparente moyenne du sol, de la CEC, de la teneur en argile, de la teneur totale en azote, du pH et du SOC associés à nos échantillons de la base de données SoilGrids250 (0–5 cm). c, Le flux de travail du traitement des séquences. Crédit : Microbiologie de la nature (2024). DOI: 10.1038/s41564-024-01686-x
Les sols comptent parmi les plus grands réservoirs viraux de la planète. Pourtant, historiquement, les virus du sol ont été ignorés. Des travaux récents indiquent que la virosphère du sol est un facteur essentiel de la santé humaine et environnementale, mais notre compréhension des distributions virales du sol à l’échelle mondiale, des activités et des interactions avec le microbiome du sol reste limitée.
Dans une nouvelle étude publiée dans Microbiologie de la naturedes scientifiques ont coordonné un consortium mondial, représentant près de 50 organisations à travers le monde, pour générer le premier atlas mondial des virus du sol (GSV) en son genre. Cette compilation de génomes viraux du sol fournit une description complète de la virosphère du sol, de son potentiel d’impact sur la biogéochimie mondiale et une base de données ouverte pour les futures recherches sur l’écologie virale du sol.
L’Atlas GSV est une collection complète d’informations génomiques provenant de 2 953 sols du monde entier, dont 1 552 échantillons qui n’étaient pas disponibles auparavant. L’Atlas GSV est composé de 616 935 génomes viraux non cultivés qui n’ont jamais été cultivés en laboratoire.
L’Atlas regroupe les génomes en entités de type espèce et décrit leurs rôles possibles dans la biogéochimie mondiale. Il comprend un large éventail d’hôtes microbiens de virus du sol, des fonctions clés associées aux cycles du carbone du sol et des métabolismes viraux qui peuvent être essentiels à la compréhension de l’écologie du sol.
Soulignant la diversité de la virosphère du sol, 95,8 % des gènes viraux n’avaient pas de fonction connue et seulement 2,78 % des séquences virales correspondaient à un organisme hôte. Étant donné la grande quantité de « matière noire » virale du sol (gènes pour lesquels aucune fonction n’est connue), cette étude et l’Atlas GSV fournissent une ressource communautaire indispensable pour faciliter de nouvelles recherches sur la virosphère du sol.
Les chercheurs ont mis en évidence des domaines prometteurs pour des recherches plus approfondies, notamment (1) des changements importants dans les communautés virales sur de courtes distances, (2) des hôtes microbiens diversifiés qui sont importants pour la biogéochimie du sol et (3) des gènes viraux spécifiques impliqués dans le cycle du carbone et d’autres stratégies de croissance.
En fournissant l’Atlas GSV comme nouvelle ressource publique, nous encourageons la communauté scientifique à générer et à tester des hypothèses qui feront progresser la résolution des défis urgents de l’écologie virale tels que l’émergence des maladies, l’échec des vaccins et la résistance aux médicaments.
Plus d’information:
Emily B. Graham et al, Un atlas mondial des virus du sol révèle une biodiversité inexplorée et des impacts biogéochimiques potentiels, Microbiologie de la nature (2024). DOI: 10.1038/s41564-024-01686-x
Fourni par le Pacific Northwest National Laboratory
Citation:Un ensemble de données complet et inédit sur les virus du sol représente une diversité virale inexploitée et un potentiel biogéochimique (2024, 5 août) récupéré le 5 août 2024 à partir de
Ce document est soumis au droit d’auteur. En dehors de toute utilisation équitable à des fins d’étude ou de recherche privée, aucune partie ne peut être reproduite sans autorisation écrite. Le contenu est fourni à titre d’information uniquement.