Un nouvel outil unifie les données unicellulaires pour la communauté mondiale de la recherche

Une nouvelle méthodologie permettant la catégorisation et l'organisation des données unicellulaires a été lancée. Il peut être utilisé pour créer un ensemble de données harmonisées pour l’étude de la santé humaine et des maladies.

Des chercheurs du Wellcome Sanger Institute, de l'Université de Cambridge, de l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (EMBL-EBI) et des collaborateurs ont développé l'outil, connu sous le nom de CellHint. CellHint utilise l'apprentissage automatique pour unifier les données produites à travers le monde, permettant ainsi à la communauté de recherche plus large d'y accéder, ce qui pourrait potentiellement conduire à de nouvelles découvertes.

Dans une nouvelle étude, publiée aujourd'hui dans Cellule, les chercheurs ont appliqué CellHint pour révéler des liens sous-explorés entre les états des cellules pulmonaires saines et malades. Ils ont examiné huit maladies, telles que la maladie pulmonaire interstitielle et la maladie pulmonaire obstructive chronique, et ont montré les avantages possibles de cet outil. Ils ont également appliqué CellHint à 12 tissus provenant de 38 ensembles de données, fournissant ainsi une base de données de tissus croisés soigneusement organisée avec environ 3,7 millions de cellules.

Cellhint est disponible gratuitement dans le monde entier et a été créé dans le cadre de l’initiative Human Cell Atlas, qui vise à cartographier chaque type de cellule du corps humain pour transformer la compréhension de la santé et de la maladie.

La génomique unicellulaire permet de comprendre chaque cellule dans le contexte du corps humain à haute résolution. Actuellement, le défi posé par l’assemblage des divers ensembles de données produits par la recherche sur des cellules uniques réside dans l’absence de système unifié pour nommer et organiser les données.

Pour résoudre ce problème, des chercheurs du Wellcome Sanger Institute et des collaborateurs ont développé CellHint, qui peut unifier les types de cellules produits par des laboratoires indépendants. CellHint place ensuite les données dans un graphique défini qui montre les relations entre les sous-types de cellules, donnant ainsi une image complète de toutes les cellules identifiées dans différents ensembles de données.

L’équipe a appliqué CellHint aux données actuelles et a révélé des relations sous-explorées entre les états de cellules pulmonaires saines et malades dans huit maladies. Il a également identifié des types de cellules dans l’hippocampe humain adulte qui pourraient présenter un intérêt potentiel pour de futures recherches.

Les chercheurs ont également appliqué CellHint à 12 tissus provenant de 38 ensembles de données, fournissant ainsi une base de données de tissus croisés soigneusement organisée avec environ 3,7 millions de cellules. Chaque cellule a été annotée, ce qui consiste à étiqueter les cellules avec des informations particulières. Ils ont également montré comment il peut créer divers modèles d’annotation automatique des cellules dans les tissus humains.

Le Dr Chuan Xu, premier auteur du Wellcome Sanger Institute, a déclaré : « CellHint se distingue des autres outils car il exploite pleinement les informations d'annotation cellulaire, souvent incohérentes mais précieuses, provenant d'études individuelles, pour réaliser une intégration de données biologique. »

« Nous sommes ravis qu'avec CellHint, les cellules de laboratoires indépendants puissent être réannotées et que les chercheurs puissent utiliser les informations obtenues pour placer chaque cellule dans des contextes différents au-delà de l'étude originale. Nous espérons que cet outil facilitera grandement la réutilisation des données moléculaires et cellulaires. données et informations dans les laboratoires, conduisant potentiellement à de nouvelles découvertes en biologie.

Le Dr Sarah Teichmann, auteure principale du Wellcome Sanger Institute et co-fondatrice de l'Atlas des cellules humaines, a déclaré : « L'Atlas des cellules humaines crée des cartes de référence détaillées de toutes les cellules du corps humain pour transformer notre compréhension de la biologie, de la santé et ” La maladie et les technologies unicellulaires soutiennent ce projet extrêmement ambitieux. La collaboration mondiale et le partage de données ouvertes sont essentiels pour atteindre l'objectif d'un atlas représentatif des cellules humaines qui bénéficiera à l'humanité dans le monde entier. “

« CellHint permet l'unification et le partage de données unicellulaires, ce qui permet à la communauté mondiale de recherche de contribuer et de bénéficier des recherches en cours menées dans le monde entier, et de contribuer aux progrès en matière de santé et de soins de santé. »