L’analyse informatique clarifie le risque de cancer pour les familles avec des variantes génétiques

Des recherches dirigées par Qimr Berghofer ont montré que de nouveaux outils de prédiction de calcul avancés peuvent améliorer la précision des tests génétiques pour les familles touchées par une condition héréditaire qui augmente considérablement leur risque de développement du cancer, ouvrant la voie à des soins mieux ciblés.

Les résultats ont été publiés dans le American Journal of Human Genetics Parallèlement aux études complémentaires de collaborateurs internationaux, qui montrent ensemble comment l’incorporation des nouveaux outils de biologie informatique avec des méthodes de modélisation existantes a amélioré le pouvoir prédictif des résultats des tests génétiques.

Des outils de calcul sont utilisés pour prédire si et comment une variante génétique est susceptible d’avoir un impact sur la fonction de la protéine codée par le gène.

Des tests génétiques sont recommandés aux personnes soupçonnées d’avoir une faute dans un gène, pour fournir un diagnostic génétique et déterminer la gestion clinique la plus appropriée, telle que le dépistage régulier, les mesures préventives et les traitements ciblés.

Cependant, toutes les variantes génétiques ne causeront pas de mal. La détermination desquelles est bénigne et qui sont susceptibles de provoquer une maladie est complexe. Les progrès rapides du séquençage génétique ont également conduit à des nombres croissants de variantes génétiques découvertes qui n’ont pas encore été classées.

Le professeur Amanda Spurdle dirige une équipe internationalement reconnue à Qimr Berghofer qui développe et améliore les méthodes pour combler cette lacune dans les connaissances, en mieux comprendre quelles variantes génétiques sont la maladie (pathogène) et lesquelles sont bénignes.

Un domaine d’intérêt est le syndrome de Li Fraumeni, une condition rare mais dévastatrice qui se produit lorsque les gens ont une faute dans le gène TP53. Ce gène est connu comme le “gardien du génome” en raison de son rôle clé de suppression de tumeurs. Une faute dans la façon dont ce gène fonctionne peut augmenter le risque de développer plusieurs cancers à l’âge de 60 ans à 95%.

L’étude de Qimr Berghofer en collaboration avec le Health Research Institute of the Hospital Clinico San Carlos en Espagne, et la société de tests génomiques cliniques Ambry Genetics aux États-Unis, visant à réduire le nombre de variantes de gènes TP53 avec un impact peu clair en utilisant de nouvelles méthodes informatiques pour prédire les variantes qui ont un impact sur la fonction.

Ceux-ci comprenaient plusieurs outils formés pour prédire les changements structurels possibles des protéines qui pourraient résulter d’une variante génétique et de leur effet sur la stabilité des protéines. Les chercheurs ont montré que l’utilisation de ces types d’outils en combinaison avec les méthodes de prédiction existantes pourrait améliorer la précision de la classification des variantes, fournissant des réponses plus claires aux personnes subissant des tests. Cela pourrait faire la différence entre un individu ayant accès à un dépistage intensif ou non.

L’étude de l’étude Nitsan Rotenberg de Qimr Berghofer a déclaré que cela soutiendrait finalement la prise de décision clinique plus éclairée et de meilleurs soins aux patients.

“Le syndrome de Li-Fraumeni est rare, mais pour les personnes touchées, il est extrêmement important de leur donner une certitude. Nous voulons réduire l’inquiétude qui vient de découvrir qu’ils ont une variante dans le gène TP53, mais personne ne sait si c’est pathogène ou non.

“L’amélioration de la classification des variants génétiques signifie que ceux avec une variante pathogène peuvent recevoir un dépistage ciblé qui augmente les chances de diagnostic précoce et de traitement plus efficace”, a déclaré Mme Rotenberg.

L’auteur principal, le professeur Amanda Spurdle, a déclaré que les études de Qimr Berghofer et de leurs collaborateurs internationaux peuvent aider à éclairer les directives internationales et la pratique clinique.

«L’utilisation de nouveaux outils de biologie informatique axés sur la prévision de la structure des protéines représente un changement de paradigme dans la recherche génétique, offrant le potentiel de transformer la recherche génomique et son application clinique.

“Nous espérons continuer à utiliser ces outils pour améliorer la précision de notre évaluation des variantes génétiques nouvellement découvertes et mal comprises dans le cancer héréditaire et d’autres domaines”, a déclaré le professeur Spurdle.

Cette dernière recherche ajoute à une autre étude importante du groupe d’épidémiologie du cancer moléculaire de Qimr Berghofer, publié dans la revue Génomique humaine.

Ce travail, dirigé par le Dr Cristina Fortuno, a révélé une autre façon dont les changements dans le gène TP53 peuvent potentiellement conduire à une production anormale de protéines, en perturbant le processus crucial “d’épissage”, où les instructions génétiques pour former les protéines de suppression tumorale sont modifiées ensemble.

Le Dr Fortuno a déclaré: “Ensemble, ces études ont des implications significatives pour les stratégies de prédiction et de prévention des risques de cancer personnalisées. Les résultats mettent en évidence l’évolution rapide des connaissances génétiques et le besoin critique d’une réévaluation régulière des résultats des tests génétiques.”

Fourni par Qimr Berghofer